Harapan kepala desa menjadi kenyataan. Konon, ketika pertama kali kyai Abdul Karim menetap di Lirboyo, tanah tersebut diadzani.
Saat itu juga semalaman penduduk Lirboyo tidak bisa tidur karena perpindahan makhluk halus yang lari tunggang langgang menyelamatkan diri.
Tiga puluh lima hari setelah menempati tanah waqaf tersebut, KH. Abdul Karim mendirikan surau mungil nan sederhana untuk mendekatkan diri kepada sang pencipta.
Santri pertama yang belajar di Lirboyo adalah Umar asal Madiun. Kedatangannya disambut baik oleh KH. Abdul Karim, karena tujuannya baik, yakni untuk tholabul ilmi, menimba pengetahuan agama. Selama nyantri, Umar sangat ulet dan telaten.
Ia benar-benar taat pada Kyai. Selang beberapa waktu ada tiga santri menyusul jejak Umar. Mereka berasal dari Magelang, daerah asal KH. Abdul Karim.
Masing-masing bernama Yusuf, Shomad Dan Sahil. Tidak lama kemudian datanglah dua orang santri bernam Syamsuddin dan Maulana, keduanya berasal dari Gurah, Kediri.
Baca juga: Sejarah Pondok Pesantren Tertua Buntet Cirebon
Seperti santri sebelumnya, kedatangan kedua santri ini bermaksud untuk mendalami ilmu agama dari KH. Abdul Karim. Akan tetapi baru dua hari saja mereka berdua menetap di Lirboyo, semua barang-barangnya ludes di sambar pencuri.
Memang pada saat itu situasi Lirboyo belum sepenuhnya aman. Akhirnya mereka berdua mengurungkan niatnya untuk mencari ilmu. Mereka pulang ke kampung halamannya.
Tahun demi tahun, keberadaan Pondok Pesantren Lirboyo semakin dikenal oleh masya-rakat luas dan semakin banyaklah santri yang berdatangan mengikuti santri-santri sebelum-nya untuk bertholabul ilmi, maka untuk meng-hindari hal-hal yang tidak diinginkan seperti yang dialami oleh Syamsuddin dan Maulana, dibentuklah satuan keamanan yang bertugas ronda keliling di sekitar pondok.*
